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历史沿革
1946年，在原日本关东军第八医院的基础上成立了解放军牡丹江绥宁军区医院（现红旗医院位置），王维尚为院长，当时医院医护人员有200多人，由日本关东军医院的人员组成。
1949年2月至1952年10月1日，牡丹江市立医院，为医院前身。
1952年10月1日至1953年8月4日，松江省牡丹江医院。
1953年8月4日至1954年4月，东北军区后勤部卫生部第23后方医院。
1954年4月至1956年6月，康复医院。
1956年6月至1956年12月，牡丹江市第二人民医院。
1956年12月26日至1959年11月，牡丹江专区人民医院。
1959年11月19日，由牡丹江专区人民医院改为牡丹江医学院附属医院。
1962年11月1日，牡丹江医学院附属医院恢复牡丹江专区人民医院建制，隶属牡丹江行署领导。
1966年1月到1966年7月，牡丹江市第三医院。
1966年7月至1974年6月，牡丹江红旗医院。
1974年6月至1979年3月1日，牡丹江地区人民医院。
1979年3月1日，牡丹江医专附属医院。
1986年3月，牡丹江医学专科学校恢复为牡丹江医学院，医院更名为医学院附属医院（1988年末，医院一门诊成立）。
1996年11月29日，与医学院附属儿童医院合并，更名为牡丹江医学院红旗医院，原牡丹江医学院附属儿童医院更名为红旗医院第二门诊部、第二住院处。
1996年12月30日，医院被省卫生厅批准三级甲等医院。
2004年10月18日，医院第一门诊部、第一住院处更名为牡丹江医学院红旗医院第一分院:医院第二诊部、第二住院处更名为牡丹江医学院红旗医院妇儿分院。
2004年成为全国首批百姓放心示范医院。
2010年9月18日，通过三级甲等医院评审。
2013年1月原二分院科室搬回总院；二分院址改造成为康复中心，并于12月正式投入使用。
2013年12月8日，成立院部门诊部。
2013年临床医学一级学科获硕士学术学位授予权。
2014年获临床医学和护理学硕士专业学位授予权。
2017年2月22日，更名为牡丹江医学院附属红旗医院。
2024年6月18日，更名为牡丹江医科大学附属红旗医院。
住院部地址：黑龙江省牡丹江市爱民区通乡路5号 电话：0453-6582800
一分院（眼病中心）地址：黑龙江省牡丹江市太平路1号 电话：0453-6224739 6221913
二分院（康复中心）地址：黑龙江省牡丹江市爱民区向阳街44号 电话：0453-6527066 6523581
